W wyniku konfliktu z Bolesławem Szczodrym biskup, podając za przekazem Galla Anonima, został skazany na obcięcie członków za zdradę, której się dopuścił. Gall Anonim, piszący swą Kronikę trzydzieści kilka lat po śmierci biskupa Stanisława, przedstawił fakt zatargu między Stanisławem a Bolesławem Szczodrym, który zadecydował o chwale pierwszego, a tragicznym końcu drugiego^[6]. Nie są znane dokładne przyczyny sporu, jaki powstał pomiędzy nim a królem. Najprawdopodobniej sam kronikarz dobrze je znał, lecz w swoim dziele nie rozwinął owego wątku. Przypuszcza się, że nie mógł tego zrobić, ze względu na panowanie w owym czasie syna Władysława Hermana, który był członkiem opozycji antykrólewskiej. Relacja Galla Anonima pozostaje do dziś jedynym ówczesnym źródłem pisanym. Od Galla dowiadujemy się, że biskup dopuścił się zdrady, za którą król wydał go na śmierć przez obcięcie członków. Gall negatywnie ocenił zarówno postępowanie biskupa, jak i reakcję króla.

Według tradycji, bezpośrednim powodem konfliktu pomiędzy biskupem a królem było to, że Stanisław bezskutecznie upominał Bolesława za niewłaściwe postępowanie wobec poddanych oraz za publiczne powodowanie zgorszenia. Wedle przekazu kroniki Mistrza Wincentego Stanisław najpierw grozi mu [Bolesławowi] zagładą królestwa, wreszcie wyciąga ku niemu miecz klątwy, nie jest jasne czy należy to rozumieć jako zagrożenie ekskomuniką, czy jej rzucenie, przyjmuje się jednak raczej tą pierwszą ewentualność. Następnie nie stawił się po wezwaniu przed sąd królewski, gdyż nie pozwalało mu na to prawo kanoniczne. Został wówczas przez króla bezprawnie skazany na śmierć.

Według alternatywnej wersji, pozostawionej przez Wincentego Kadłubka, biskup Stanisław stanął w obronie niewiernych żon rycerzy walczących na wyprawie kijowskiej, które król rozkazał okrutnie ukarać, mimo iż ich mężowie im przebaczyli. Król rozkazał swoim sługom zabicie biskupa w kościele na Skałce w czasie odprawiania przez niego mszy świętej, a gdy ci nie chcieli, sam własnoręcznie zamordował świętego. Wersja ta jednak ze względu na moralizatorski charakter kroniki Kadłubka, a także to, że również był biskupem i napisał swoją kronikę w czasie panowania potomków Władysława Hermana jest mało wiarygodna.

Autorem żywota św. Stanisława znanego w dwóch wersjach, krótszej Vita minor i dłuższej Vita maior jest także Wincenty z Kielczy, natomiast Jan Długosz w Żywocie św. Stanisława opisuje cuda, które zdarzyły się po śmierci biskupa.

Historiografia

Historiografia tematu jest bardzo rozwinięta. Tadeusz Wojciechowski w swojej pracy z 1904 r. Szkice historyczne jedenastego wieku wysuwa tezę, iż św. Stanisław został skazany za zdradę narodu. Twierdzenie to opiera się na Kronice Galla Anonima, gdzie sam autor nazywa go traditor episcopus – zdrajca. Słowo “traditor” jest wieloznaczne. Sam Gall używał go w kilku znaczeniach. W Kronice zastosował je w sumie 13 razy, ale tylko trzykrotnie na określenie zdrady polegającej na konszachtach z nieprzyjacielem zewnętrznym. W średniowiecznej łacinie zdrajców określano częściej słowem “proditor”. Według tej tezy przedmiotem sporu pomiędzy Bolesławem Szczodrym a św. Stanisławem były nie “niewierne żony”, lecz władza w młodym państwie polskim. Wojciechowski stwierdził, że Stanisław reprezentował inną frakcję polityczną – przeciwną królowi, a pochlebną interesom Cesarstwa i być może frakcjom wspierającym Władysława Hermana. Spisek został odkryty, a Stanisław, na mocy sądu arcybiskupiego, został za zdradę króla skazany na śmierć przez poćwiartowanie członków.

Tezy Wojciechowskiego spotkały się z krytyką jako oparte w zbyt dużym stopniu na domysłach, zwłaszcza odnośnie domniemanej ingerencji czesko-niemieckiej w sprawy polskie, na którą w źródłach nie ma najmniejszego dowodu. Zdaniem Romana Grodeckiego stawianie alternatywy “święty czy zdrajca” może być w rzeczywistości pozorne, gdyż nie da się wykluczyć, że postępowanie biskupa wypływało ze szlachetnych, etycznych pobudek, ale jako będące nie na rękę królowi zostało zakwalifikowane jako polityczna zdrada.